胡萝卜的贮藏环境必须保持低温高湿的条件，通常适宜的贮藏温度是0～3℃，相对湿度是90%～95%，并且能忍受较高浓度的二氧化碳，适合在密闭环境中贮藏。
胡萝卜有沟藏、窑藏、通风库贮藏、塑料袋贮藏和薄膜帐贮藏等方法，不论哪种贮藏方法，都要求能保持低温高湿环境。
一、沟藏法
适合选择地势较高，地下水位较低，保水力较强的黏土地带挖沟。一般东西方向挖沟，长度不限，沟深一般应该超过当地冻土层。挖出的上层土堆在沟的南侧，可以遮阳。沟的下层土堆在北侧，可以用于覆土。
胡萝卜收获后在沟内倾斜码放，头朝下，根朝上，一层胡萝卜、一层土，也可码放3～4层胡萝卜后再覆一层土。码放完后再覆土10～20厘米厚。
随着外界气温下降，逐渐增加覆土厚度，一般总厚度可以达到0.7～1米，保证胡萝卜不受0℃冻害为目的。覆土含水量达18%～20%。待机会合适，最好一次挖出胡萝卜上市。
二、窖藏法
先选择背风向阳的地方，挖一个深1.5米至1.7米的土窖，窖的深度应该大于冻土层深度，一般深2米、宽3米，窖的长、宽可根据贮量而定。窖挖好后晾晒2～3天。然后将装袋的胡萝卜码成1米高的方形或圆形垛，盖好窖口。窖盖用秸秆或木料作材料，覆盖40厘米的厚土，同时要留好通气孔。窖内保持温度1～3℃，相对湿度95%比较合适。
入窖初期，窖内、外的温度都比较高，要昼夜打开窗口，防止胡萝卜伤热腐烂。贮藏中期气温较低，应严密地盖好窗口，保温防冻，但要选晴天中午进行适当通风换气。贮藏后期气温开始回升，白天应关闭窖口，夜间敞开通风，保持窖内的低温条件。
三、竹筐沙贮藏法
将竹筐的底部垫上一层厚牛皮纸，再铺上一层细沙，平摆上一层胡萝卜，摆满后再铺上一层细沙，再摆放一层胡萝卜，即一层萝卜、一层沙。直到离筐口8～10厘米处，用厚沙把筐口封严。细沙的湿度要保持在75%～85%。然后把竹筐放在室内墙角等阴凉处贮存。
一般的成熟水果像香蕉、苹果、甜瓜和番茄等，释放的乙烯较多。而胡萝卜对乙烯敏感，贮藏环境中低浓度的乙烯就能使胡萝卜出现苦味。因此，胡萝卜在贮藏或运输过程中应该避免与水果放在一起，以免降低胡萝卜的品质。
