设施果树生长发育包括根、茎、叶、花、果实、种子等各种器官的生长发育。
设施果树花器官发育不全，完全花比例下降，尤其是花粉生活力降低，在很大程度上影响产量的形成。
果树果实品质和产量下降
一般来讲，设施栽培果树果实品质和产量下降。设施栽培加剧了新梢生长和果实生长对光合产物的竞争，一般情况下果实个头变小，含糖量降低，含酸量增加，可溶性固形物、维生素c含量略低于露地，风味变淡，品质下降。果实畸形率高，生理障碍加重，但普遍表现出着色好的特点。但也有国内外设施栽培果树产量上升、果实品质增进的报道。看来情况不一样，不同树种、品种，不同指标项目，与露地栽培有差异。
设施栽培裂果加剧
设施栽培条件下的裂果与树种和品种特性有关，管理措施特别是灌水对裂果轻重有较大影响。温室栽培油桃裂果多发生在采收前20天以内，采收前6～8天是裂果发生的主要时期。树冠外围果、大型果裂果较重，内膛果、小型果裂果较轻。同样，甜樱桃有些品种果皮韧性差，极易裂果，如巨红；有些品种果皮厚而韧性强，不易裂果，如雷尼尔、抉择、早大果、胜利沙蜜脱等。
设施栽培叶片变大、变薄
设施栽培条件下，果树叶片变大、变薄，叶绿素含量降低，光合效能下降，为自然条件下的70%～80%。除与光照有关外，也与叶片质量有关。
果树新梢生长变旺
设施栽培，果树新梢生长变旺，节奏性不明显，节间加长。枝条的萌芽率和成枝力均有提高，新梢生长和果实发育的矛盾加剧，光照状况恶化。揭棚后新梢易徒长，光照恶化，尤其核果类果树夏天多数“戴帽”旺长。
